隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。继第一章“Spring of Birth”、第二章“Midsummer
人理续存保障机构·迦勒底，对于仅凭魔术无法看见的世界，仅凭科学无法计算的世界进行观测，为了让已被证明会灭亡于2017年的人类史存续下去，日夜持续着活动。人类灭亡的原因，是在历史上数个地点突然出现的“无法观测领域”——“特异点”。迦勒底唯一残存的御主·藤丸立香，与亚从者玛修·基列莱特一同介入这些特异点的事象，从而执行将其解明或破坏的禁断仪式——“圣杯探索 Grand Order”。这一次新发现的是第七个特异点——纪元前2655年的古代美索不达米亚。 由结束了不老不死灵草的探索的“天之楔·贤王吉尔伽美什”所统
